Przy wyborze lokalizacji szkółki leśnej istotne jest uwzględnienie konfiguracji terenu, ponieważ wpływa ona na efektywność prac szkółkarskich oraz jakość produkowanego materiału sadzeniowego. Najbardziej odpowiednie są tereny równe; dopuszczalne jest jednak niewielkie nachylenie:
Niewielkie nachylenie terenu sprzyja odpływowi nadmiaru wody opadowej, co zapobiega zastojom wody i związanym z tym problemom dla roślin. Jednak zbyt duże nachylenie może prowadzić do erozji gleby oraz utrudniać mechanizację prac szkółkarskich.
W przypadku szkółek zespolonych, składających się z kilku mniejszych jednostek, zaleca się, aby odległość między poszczególnymi szkółkami nie przekraczała 500 metrów. Takie rozmieszczenie ułatwia zarządzanie oraz logistykę prac szkółkarskich.