Żołędzie obydwu dębów należą do nasion recalcitrant, co oznacza, że nie przechodzą długotrwałego spoczynku i źle znoszą przesuszenie. Kluczowym czynnikiem zachowania żywotności przy przechowywaniu jest wysoka zawartość wody (wilgotność)encyklopedia.lasypolskie.pl. Optymalną wilgotność żołędzi utrzymuje się w przedziale ok. 40–48% (w odniesieniu do świeżej masy)encyklopedia.lasypolskie.plencyklopedia.lasypolskie.pl. Podsuszanie gorącym powietrzem jest zabronione – jedynie powierzchowne osuszenie strumieniem chłodnego powietrza (lub ogrzanego do maks. 20°C) ogranicza wilgoć nadmiarową, nie pozwalając jednak spadnąć wilgotności poniżej ok. 40%encyklopedia.lasypolskie.pl. Obniżenie wilgotności nasion poniżej 40% prowadzi do gwałtownego spadku zdolności kiełkowania; przykładowo, przy wilgotności 37–38% wysiew daje ok. 89% wschodów, a przy 26% wilgotności już tylko 14–24%encyklopedia.lasypolskie.pl.

Z powodu intensywnego oddychania żołędzi i ryzyka pleśni, nie przechowuje się ich w zamkniętych pojemnikach bez wymiany powietrza. Przy niewielkich ilościach (do ~30–40 kg) można zmieszać nasiona 1:1 objętościowo z materiałem obniżającym wilgotność (np. drobno rozdrobniony torf suchy lub trociny iglaste) i składować w pojemniku z wentylacją (otworami lub perforowaną folią, często z pionową rurą napowietrzającą)encyklopedia.lasypolskie.pl. Rozkłada to nasiona na większej przestrzeni i redukuje bezpośredni kontakt między nimi, co zmniejsza wysychanie i przenoszenie patogenów. Przy większych wolumenach (np. przemysłowe magazyny nasion) nasiona układa się bez dodatku podłoża, w ażurowych skrzynkach lub pojemnikach, które zapewniają cyrkulację powietrzaencyklopedia.lasypolskie.pl. Temperatura przechowywania powinna być bliska 0°C – najlepsze praktyki wskazują na ok. –3°Cencyklopedia.lasypolskie.pl. W warunkach amatorskich lub małoskalowych często stosuje się chłodne piwnice lub chłodnie około –1°C.

W takich warunkach żołędzie dębu szypułkowego można przechowywać przez jedną zimę bez specjalnej utraty jakości. Przy przechowywaniu kontrolowanym (chłodnia, –3°C) możliwe jest zachowanie żywotności przez 2–4 zimy, choć po 3.–4. roku zdolność kiełkowania zwykle znacznie spadaencyklopedia.lasypolskie.pl. Przechowywanie ponad 3 zimy wymaga ścisłego nadzoru wilgotności i składu gazów; dłuższe magazynowanie ryzykuje samozagrzaniem i kiełkowaniem części żołędzi nawet w niskich temperaturachencyklopedia.lasypolskie.plencyklopedia.lasypolskie.pl. W warunkach polskich najczęściej zaleca się ograniczenie magazynowania żołędzi dębu do 1–3 zim, planując siew wiosną kolejnego roku (po drugiej zimie żywotność bardzo spada).

Dla nasion dębu bezszypułkowego obowiązują podobne zasady, choć są one nieco bardziej wrażliwe na patogeny. Zarówno u Q. robur, jak i Q. petraea bardzo ważne jest wcześniejsze oczyszczenie nasion – np. odrzucenie uszkodzonych, porażonych czy niezdojrzewłych żołędzi oraz mechaniczne usunięcie pokrywających je miseczek (owocni). Dodatkowo często stosuje się spławianie nasion w wodzie – pływające żołędzie (puste, nadpsute) wypływają na powierzchnię i są usuwane, a tonące (zdrowe, cięższe) odsącza się i osuszaencyklopedia.lasypolskie.pl. Po spławianiu oraz ręcznym sortowaniu usuwa się resztki liści, łupinek i innych zanieczyszczeń.

Zabiegi fitosanitarne: Żołędzie dębu są podatne na grzyby (np. Ciboria/Sclerotinia pseudotuberosa powodująca tzw. dębiątko) i pasożytnicze larwy. W przypadku podejrzenia infekcji zaleca się termoterapię: zanurzenie nasion w wodzie o temperaturze ok. 41°C przez około 2,5 godziny, co skutecznie eliminuje patogeny grzybowe z nie uszkadzając nasionencyklopedia.lasypolskie.plencyklopedia.lasypolskie.pl. Ta metoda jest obecnie zalecana nawet profilaktycznie przed składowaniem. Alternatywnie lub uzupełniająco stosuje się zaprawianie fungicydami (np. tiofanat metylu, benomyl, Rovral) – jednak badania wykazały, że preparaty chemiczne mają słabsze działanie długoterminowe niż termoterapiaencyklopedia.lasypolskie.plencyklopedia.lasypolskie.pl. Podczas składowania w magazynach nasion profilaktycznie stosuje się też okazyjnie fumigację lub zamgławianie preparatami zawierającymi iprodion (składnik Rovral) dla ochrony przed pleśnieniemencyklopedia.lasypolskie.plencyklopedia.lasypolskie.pl.

Podsumowując, warunki optymalne dla przechowywania żołędzi dębu to: utrzymanie wysokiej wilgotności ok. 45% (brak przesuszenia), temperatura bliska 0°C (najlepiej –1°…–3°C), dobra wentylacja pojemników oraz wczesne usunięcie i zwalczenie patogenów (np. termoterapia 41°C). W takich warunkach nasiona zachowują żywotność przez kilka miesięcy do 2–3 lat, zależnie od gatunku i wielkości partiiencyklopedia.lasypolskie.plencyklopedia.lasypolskie.pl. Dłuższe przechowywanie zawsze obniża zdolność kiełkowania, więc planuje się siew możliwie w pierwszych sezonach po zbiorze, zwykle wiosną.